Война внесла новый поворот в историю школы. В ней разместилось эвакуированное из Киева пехотное училище и госпиталь, а школьники перебрались в школу № 11 на улице Чайковского (обратно вернулись лишь в 1946 году). В последний год войны школа стала женской, был разрешен прием в первый класс детей с семи лет, прекращено соцсоревнование в учебной работе, установлена система пятибалльной оценки успеваемости и поведения. Введены Правила для учащихся, ученический билет, выпускные экзамены на аттестат зрелости (в 1948 году их впервые получили выпускники 15-ой школы, сдавшие восемь экзаменов) и награждение лучших учеников золотыми и серебряными медалями. Практиковалось ношение ученической формы.